L'any 1951, el Professor Puigvert va accedir per concurs a la Direcció del Servei d'Urologia de l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau (HSCSP), del qual era metge des de 1933. Hi va aportar recursos, per tal d'ampliar el pavelló hospitalari on estava ubicat el servei i va crear-hi noves dependències per donar cabuda a les seccions de Laboratoris, d'Uroendoscòpia i d'Urografia. Va traslladar a l'hospital l'institut d'urologia que havia creat a la seva clínica i l'anomenà “INSTITUT D'UROLOGIA DE L'HSCSP”, amb la qual cosa li va proporcionar mitjans i el va transformar en el Servei d'Urologia més important de l'Estat espanyol.
Hi va traslladar els fons bibliogràfics i l'arxiu d'històries clíniques i hi va organitzar la biblioteca i l'arxiu clínic. A més, va potenciar la realització sistemàtica de revisions bibliogràfiques i de sessions clíniques, va continuar amb els cursos monogràfics d'urologia i va iniciar la difusió de les “Sèries de Publicacions de l'Institut d'Urologia”.
L'any 1954 va dissenyar-ne un Pla d'estudis teòrics i pràctics, per a la formació especialitzada en Urologia, i va crear-hi dues places de resident-becari, per tal d'estudiar durant dos anys, en règim d'internat rotatori, a l'Institut d'Urologia de l'HSCSP, que va ser capdavanter a l'Estat espanyol, en la formació reglada de l'ensenyament d'especialització postgraduada.
Gràcies al Professor Puigvert, l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau va ser el primer centre hospitalari de l'Estat que va oferir un programa rotatori reglat per a la formació mèdica especialitzada (metges residents).
L'any 1955, hi va posar en marxa una Secció de Nefrologia la qual, sota la direcció del Dr. Gerardo Del Río, pioner en l’especialitat, va adquirir una personalitat pròpia, fins que anys després (1964) va esdevenir un servei funcionalment autònom (el primer de l'Estat espanyol).
L'any 1961, com a reconeixement a l'especificitat de la tasca duta a terme pel Dr. Josep M. Pomerol Serra, impulsor de l'andrologia com a especialitat clínica, hi posà en marxa una Secció d'Andrologia, que anys després (1968) va esdevenir el Servei d’Andrologia, també funcionalment autònom (el primer del món).
Aquells anys cinquanta van ser d'intensa activitat assistencial i científica. El prestigi del Professor Puigvert, el dels seus col·laboradors i el de l'Institut d'Urologia de l'HSCSP van creuar les fronteres del país. A poc a poc, es configurava el que posteriorment s'anomenaria la Fundació Puigvert.
